药学院毕业生在2008年全国研究生考试中取得佳绩，2004级生物技术班54名应届毕业生，报考研究生40名，超过国家分数线34名(其中A区上线30名、B区C区上线人数4名),过线率85%，最终录取研究生25名，录取率73.5%，占应届毕业生的46.3%。25名同学分别被上海交大、暨南大学、东南大学、武汉大学、中国药科大学等名校录取。其中王铭同学和王学全同学分别取得上海交大和中国药科大学的硕博连读机会。
今年药学院考研出现几个特点：一是考研层次较高。350分以上的同学高达13人，最高分391分，大部分被录取的同学就读于上海交大、暨南大学、东南大学、武汉大学、中国药科大学等名校，其中4名同学以总分第一名的好成绩被所报大学录取。二是南方高校录取人数多于北方高校。25名被录取的学生中17名分布于南方各高校。以北京中科院最有代表性，由于学校政策调整，只招收学校推荐学生，导致部分学生调剂到其他高校。
自成立以来，药学院十分重视首届毕业生的考研与就业工作，多次召开专题会议进行研究、部署，并制定了相关措施：一是早期引导，通过辅导员召开主题班会和考研讲座等活动引导新生树立考研意识；二是注重教学质量，树立良好学风，正确处理素质教育和专业教育之间的关系；三是加强对学生的引导，使其正确处理考研与实习、就业之间的关系；四是服务学生，创造良好的环境和条件，当好参谋。这些措施的实施，有力地增强了学生们考研的信心，营造了浓郁的学习氛围。专业指导教师们也通过辛勤的辅导为学生在专业上的发展提供了很大的帮助，为同学们排忧解难。